SNOMED Post Processing OKF bundle
Agent-readable map of the SNOMED Post Processing app, workflows, data formats, CLI, GUI, and migrated docs.
Open source Repository Open in the app JSON README (API)
About
# SNOMED Post Processing OKF bundle
This bundle is the agent-readable knowledge layer for the Python app under [`/src/snomed_post_processing`](/src/snomed_post_processing). It also integrates every Markdown file from [imported source docs](/snomed-post-processing/source-former documentation folder/index.md) so that the project can later remove the former documentation folder without losing its documented knowledge.
## Fast orientation
- [Architecture overview](/snomed-post-processing/architecture/overview.md) - what the app does and how subsystems fit together.
- [Maintainer module map](/snomed-post-processing/modules/module-map.md) - source modules and responsibilities.
- [CLI commands](/snomed-post-processing/interfaces/cli.md) - command entry points and public workflows.
- [Streamlit GUI](/snomed-post-processing/interfaces/gui.md) - UI tabs, file sources, and deployment form.
## Main workflows
- [RF2/Snowstorm to HDF5 policy store](/snomed-post-processing/workflows/rf2-to-hdf5.
Details
- Kind
- OKF bundles
- Topic
- Cloud & DevOps
- Publisher
- medizininformatik-initiative
- Origin
- okf_github
- Category
- dados
- Version
- 0.2
- Stars
- 8
- Forks
- 3
- Last push
- 2026-09-04T14:40:43Z
- Repository state
- ativo
- Language
- Python
- Added
- 2026-09-09 12:02:17
- Updated
- 2026-09-11 13:04:01
- Origin id
medizininformatik-initiative/GeMTeX:snomed-postprocessing/okf/snomed-post-processing/index.md
README
# GeMTeX Dieses Repositorium umfasst Arbeiten (v.a. Code) zum Projekt [GeMTeX](https://www.smith.care/de/gemtex_mii/ueber-gemtex/), die nicht gut im Projekt-[Confluence](https://confluence.imi.med.fau.de) abgelegt werden können. ### [`averbis-custom-configs`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/averbis-custom-configs) Verschiedene Konfigurationen (`json` Format), mit denen `AHD` Pipelines angepasst werden können. ### [`docker-compose-files`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/docker-compose-files) TODO ### [`id_logik_recommender`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/id_logik_recommender) __(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-idlogik-recommender:0.3.0`)__ Ein in ``java`` implementierter Recommender für [INCEpTION](https://inception-project.github.io/) als Schnittstelle zum [IDLogik-Server](https://www.id-berlin.de/produkte/nlp-forschung/id-logik/). ### [`inception-projects`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception-projects) Beinhaltet exportierte Basis-Projekte (also im Grunde Konfigurationen der Layer etc.) für [INCEpTION](https://inception-project.github.io/), die von den einzelnen Standorten in ihre jeweilige [INCEpTION](https://inception-project.github.io/)-Instanz importiert werden können. Wenn nicht anders vermerkt, sind darin keine Dokumente vorhanden. ### [`inception-reporting-dashboard`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception-reporting-dashboard) __(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-dashboard:0.9.5`)__ Das Dashboard generiert verschiedene Diagramme für ein [INCEpTION](https://inception-project.github.io/)-Projekt. In seiner aktuellen Form kann es vom Projektmanager vor Ort verwendet werden, um verschiedene Metriken bezüglich des Fortschritts des Projekts und der Art der Annotationen zu visualisieren. Diese können dann exportiert und an die zentrale Projektleitung geschickt werden. Die Projektleitung kann dann anhand des Dashboards den Fortschritt der Projekte an den unterschiedlichen Standorten vergleichen und nachvollziehen. ### [`inception_ahd_recommender`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception_ahd_recommender) __(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-ahd-recommender:1.5.0`)__ Ein Recommender basierend auf dem [External INCEpTION Recommender](https://github.com/inception-project/inception-external-recommender), um in [INCEpTION](https://inception-project.github.io/) Annotationsvorschläge der [Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) zu generieren. ### [`scripts`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts) Ordner für verschiedene Skripte/Demos. * [`cda-transform`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/cda-transform) Eine Demo bzw. Machbarkeitsnachweis wie CDA Dokumente Level One über XSLT Stylesheets in HTML oder Plain-Text gewandelt werden können. * [`health-discovery-scripts`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/health-discovery-scripts) Python-Skripte um die [Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) per API anzusprechen. * [`inception-export`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/inception-export) Pyhon CLI/Streamlit GUI to export INCEpTION Projects in a KDS compliant form * [`py-anonymizer`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/py-anonymizer) Prozessiert Semann Annotationsdateien (``.zip``) und anonymisiert Annotator:innen auf Grundlage einer ``csv``. * [`uima_cas_converter`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/uima_cas_converter) Ein einfaches Skript um UIMA CAS-Dateien von `json` in `xmi` umzuschreiben oder umgekehrt. * [`zip-renaming`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/zip-renaming) Ein einfaches Skript um automatisch INCEpTION-exportierte finale ZIP Dateien umzubenennen, damit sie die Dokument-ID beinhalten. ### [`snomed-postprocessing`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/snomed-postprocessing) Programm um Dokumente zu identifizieren, die SNOMED CT Codes enthalten, die nicht mit einer Version kompatibel sind. (Im GeMTeX Fall: 04/2024) bzw. Codes, die auf einer Blacklist stehen (siehe ``snomed-postprocessing/config/blacklist_filter_tags.txt``). ### [`surrogator`](/surrogator/Readme.md) Werkzeug für Pseudonymisierung von Textdocumenten nach Detektion von PII-Entitäten. ### [`uima_cas_mapper`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/uima_cas_mapper) Ein `Python`-Programm um `xmi` im [UIMA-CAS](https://uima.apache.org/)-Format von einem Typensystem in ein anderes umzuschreiben (z.B. die Exporte der Analysen der [Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) in eine Layer-Modellierung in [INCEpTION](https://inception-project.github.io/)). Dabei werden die entsprechenden Mapping-Anweisungen im `json`-Format angegeben. Eine genauere Beschreibung ist im [Unterverzeichnis](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/blob/main/uima_cas_mapper/README.md) zu finden. ### Hinweis Änderungen am ``main`` branch dieses Repositoriums sind nur durch einen entsprechenden ``pull request`` durchführbar. Fragen oder Anmerkungen zum Repositorium bitte an: franz.matthies@imise.uni-leipzig.de