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  "markdown": "# GeMTeX\n\nDieses Repositorium umfasst  Arbeiten (v.a. Code) zum Projekt [GeMTeX](https://www.smith.care/de/gemtex_mii/ueber-gemtex/), \ndie nicht gut im Projekt-[Confluence](https://confluence.imi.med.fau.de) abgelegt werden können.\n\n### [`averbis-custom-configs`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/averbis-custom-configs)\nVerschiedene Konfigurationen (`json` Format), mit denen `AHD` Pipelines angepasst werden können.\n\n### [`docker-compose-files`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/docker-compose-files)\nTODO\n\n### [`id_logik_recommender`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/id_logik_recommender)\n__(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-idlogik-recommender:0.3.0`)__  \nEin in ``java`` implementierter Recommender für [INCEpTION](https://inception-project.github.io/) als Schnittstelle zum [IDLogik-Server](https://www.id-berlin.de/produkte/nlp-forschung/id-logik/).\n\n### [`inception-projects`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception-projects)\nBeinhaltet exportierte Basis-Projekte (also im Grunde Konfigurationen der Layer etc.) für\n[INCEpTION](https://inception-project.github.io/), die von den einzelnen Standorten in ihre jeweilige\n[INCEpTION](https://inception-project.github.io/)-Instanz importiert werden können.\nWenn nicht anders vermerkt, sind darin keine Dokumente vorhanden.\n\n### [`inception-reporting-dashboard`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception-reporting-dashboard)\n__(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-dashboard:0.9.5`)__  \nDas Dashboard generiert verschiedene Diagramme für ein [INCEpTION](https://inception-project.github.io/)-Projekt. In seiner aktuellen Form kann es vom\nProjektmanager vor Ort verwendet werden, um verschiedene Metriken bezüglich des Fortschritts des Projekts und der Art\nder Annotationen zu visualisieren. Diese können dann exportiert und an die zentrale Projektleitung geschickt werden.\nDie Projektleitung kann dann anhand des Dashboards den Fortschritt der Projekte an den unterschiedlichen Standorten vergleichen und nachvollziehen.\n\n### [`inception_ahd_recommender`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/inception_ahd_recommender)\n__(Als Docker Image verfügbar: `docker pull ghcr.io/medizininformatik-initiative/gemtex/inception-ahd-recommender:1.5.0`)__  \nEin Recommender basierend auf dem [External INCEpTION Recommender](https://github.com/inception-project/inception-external-recommender), um in [INCEpTION](https://inception-project.github.io/) Annotationsvorschläge\nder [Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) zu generieren. \n\n### [`scripts`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts)\nOrdner für verschiedene Skripte/Demos.\n* [`cda-transform`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/cda-transform)  \nEine Demo bzw. Machbarkeitsnachweis wie CDA Dokumente Level One über XSLT Stylesheets in HTML oder Plain-Text gewandelt werden können.\n* [`health-discovery-scripts`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/health-discovery-scripts)  \nPython-Skripte um die [Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) per API anzusprechen.\n* [`inception-export`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/inception-export)  \nPyhon CLI/Streamlit GUI to export INCEpTION Projects in a KDS compliant form   \n* [`py-anonymizer`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/py-anonymizer)  \nProzessiert Semann Annotationsdateien (``.zip``) und anonymisiert Annotator:innen auf Grundlage einer ``csv``.  \n* [`uima_cas_converter`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/uima_cas_converter)  \nEin einfaches Skript um UIMA CAS-Dateien von `json` in `xmi` umzuschreiben oder umgekehrt.\n* [`zip-renaming`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/scripts/zip-renaming)  \nEin einfaches Skript um automatisch INCEpTION-exportierte finale ZIP Dateien umzubenennen, damit sie die Dokument-ID beinhalten. \n\n### [`snomed-postprocessing`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/snomed-postprocessing)  \nProgramm um Dokumente zu identifizieren, die SNOMED CT Codes enthalten, die nicht mit einer Version kompatibel sind.\n(Im GeMTeX Fall: 04/2024) bzw. Codes, die auf einer Blacklist stehen (siehe ``snomed-postprocessing/config/blacklist_filter_tags.txt``).\n\n### [`surrogator`](/surrogator/Readme.md)\nWerkzeug für Pseudonymisierung von Textdocumenten nach Detektion von PII-Entitäten.\n\n### [`uima_cas_mapper`](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/tree/main/uima_cas_mapper)\nEin `Python`-Programm um `xmi` im\n[UIMA-CAS](https://uima.apache.org/)-Format von einem Typensystem in ein anderes umzuschreiben (z.B. die Exporte der\nAnalysen der\n[Averbis Health Discovery](https://averbis.com/health-discovery/) in eine Layer-Modellierung in\n[INCEpTION](https://inception-project.github.io/)).\nDabei werden die entsprechenden Mapping-Anweisungen im `json`-Format angegeben. Eine genauere Beschreibung ist im\n[Unterverzeichnis](https://github.com/medizininformatik-initiative/GeMTeX/blob/main/uima_cas_mapper/README.md) zu finden.\n\n\n### Hinweis\nÄnderungen am ``main`` branch dieses Repositoriums sind nur durch einen entsprechenden ``pull request`` durchführbar.  \nFragen oder Anmerkungen zum Repositorium bitte an: franz.matthies@imise.uni-leipzig.de\n",
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